| MirGeneDB ID | Spu-Novel-2-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | SPU-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Novel-2-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000868.1: 421541-421599 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-P1a) |
Novel-1-P1a
AAGJ06000868.1: 418239-418302 [-]
Ensembl
Novel-2-P1a AAGJ06000868.1: 421541-421599 [-] Ensembl |
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| Seed | AUAUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAUGACAUCAUCUAUGGGUUAAGUCCUUUUAUAUGAUCAAUGACAUAUGAGUAUAUUUACAUUCCCCAUGUGUAUUUGAUCAUAUCUAAGGCAAACCUUGUAUCAGCUCAGCAUCGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAUGACAUCAUCUAUG----| AA U UU UG AGUAUAUU GGUU G CCUU AUAUGAUCAA ACAUAUG \ CCAA C GGAA UAUACUAGUU UGUGUAC U CAGCUACGACUCGACUAUGUU^ A- - UC UA CCCUUACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Spu-Novel-2-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUAUGAUCAAUGACAUAUGAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Spu-Novel-2-P1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUGUGUAUUUGAUCAUAUCUA -59
Get sequence
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