| MirGeneDB ID | Spu-Novel-1-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | SPU-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Novel-1-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000004.1: 20054437-20054500 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1-P1b) |
Novel-2-P1b
AAGJ06000004.1: 20050681-20050739 [+]
Ensembl
Novel-1-P1b AAGJ06000004.1: 20054437-20054500 [+] Ensembl |
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| Seed | UUUAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAAGUAAUACAAAUUUAUGCUCUGUCGGAUUUUAUGAUCGAGGAAGCAGAUGUGACAUUAUUAUAAGAAACACCUGCACUCUAUCAUAGAUGCCUGAAAGAGUUUUAAAUCUUCAGACGUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAAGUAAUACAAAUUUAU- G AU-| C GAA A GACAUUA GCUCU UCGG UUUAUGAU GAG GCAG UGU U UGAGA AGUC AGAUACUA CUC CGUC ACA U AAGUGCAGACUUCUAAAUUU A CGU^ U A-- C AAGAAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Spu-Novel-1-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUAUGAUCGAGGAAGCAGAUGU -24
Get sequence
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| Star sequence | Spu-Novel-1-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- ACCUGCACUCUAUCAUAGAUGC -64
Get sequence
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