MirGeneDB ID | Spu-Mir-2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2004 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | spu-mir-2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pmi-Mir-2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eleutherozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eleutherozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000009.1: 7155334-7155398 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGAUAGAGAAGAGAGGCUACUUGCGGACCUUUCUGUGGCUGUCGUGUUAAGUGUGAUUCUAUGAAGACACUUCACACACAACCACAGGAAGUUUUGCACGGUAGCCAUGACAACGCAUCCGGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAGAUAGAGAAGAGAG- -| C C C U UGUGAUUC GCUACU UGCGGA CUUUCUGUGG UGU GUGU AAG U CGAUGG ACGUUU GAAGGACACC ACA CACA UUC A AGGCCUACGCAACAGUAC C^ U A - C ACAGAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Spu-Mir-2004_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUCUGUGGCUGUCGUGUUAAG -23
Get sequence
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Mature sequence | Spu-Mir-2004_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UCACACACAACCACAGGAAGUU -65
Get sequence
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