MirGeneDB ID | Pmi-Mir-2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2004 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pmi-mir-2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Spu-Mir-2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eleutherozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eleutherozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pmin1) |
JH775453.1: 21223-21282 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCUGUAAGAUAAAUGUCUUGGCCCCAGUCUUUCUGUGGUCGUCGUGUAAGGCUGAAUGCAGUAUCCUCACACACAACCACAGGAAGUUUGGUGUCUCAAGUCAUAGCAUCAUCAUGGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGCUGUAAGAUAAAUGUCUU--| C U C C A CUGAAU GGC CCAG CUUUCUGUGGU GU GUGU AGG \ CUG GGUU GAAGGACACCA CA CACA UCC G UGGUACUACUACGAUACUGAACU^ U U A - C UAUGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pmi-Mir-2004_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUCUGUGGUCGUCGUGUAAGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Pmi-Mir-2004_3p |
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mirBase accession | MIMAT0032177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCACACACAACCACAGGAAGUU -60
Get sequence
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