MirGeneDB ID | Sne-Mir-12595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12595 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Seison (Seison nebaliae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ava-Mir-12595-P1 Ava-Mir-12595-P2 Bko-Mir-12595-P1 Bko-Mir-12595-P2 Bpl-Mir-12595-P1 Bpl-Mir-12595-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (S.nebaliae-strainB-GA2.2-3295Contigs_manual) |
k141_4112: 19126-19255 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAUUUCUUUUCCAAAAAUUCUUUUGAGCGCCUGGUGCACUGUUGGAUAUAUUGUUAAAUGAGUUCGAUGAAACUUUUGAUAGUACAAGUUUAUCAUUAUUAAUCGAUAAUGUAUCAAUCAUAAACUGCCAUUUGUAUAUCUGACAGGUAGCCAUGCGUCCAAAAAAUUUACUUAUCACCAUUUCUAUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 ACCAUUUCUUUUCCAAAAAUUC--| AG C GCA UG AUUGUUAAAUGAGUUCGAUGAAACUUUUGAUAGUACAAGUUU UUUUG CGC UGGU CUGU GAUAU A AAAAC GCG ACCG GACA CUAUA U UUAUCUUUACCACUAUUCAUUUAA^ CU U AUG GU UGUUUACCGUCAAAUACUAACUAUGUAAUAGCUAAUUAUUAC . 180 170 160 150 140 130 120 110 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sne-Mir-12595_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUGGUGCACUGUUGGAUAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Sne-Mir-12595_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
108- UAUCUGACAGGUAGCCAUGCGU -130
Get sequence
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