MirGeneDB ID | Bpl-Mir-12595-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12595 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bpl-Mir-12595-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ava-Mir-12595-P2 Bko-Mir-12595-P2 Sne-Mir-12595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Brachionus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000433.1: 273783-273841 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGGAGAAAAAGAAAUUUCGAAUAGUAGUUCGUGGCUCCUGGCAAGAAAAGGUAGUCUUAAUUUCCUAUCUGACAGGUAGCCAUGUUUUACUGUUGAUAACUUACAGCAUUUAUCGCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUUGGAGAAAAAGAAAUU---| G UU - GCA AA UAGUC UC AAUAGUAG CGUGGCU CCUG AGA AGG U AG UUGUCAUU GUACCGA GGAC UCU UCC U UCGCUAUUUACGACAUUCAAU^ - UU U AG- A- UUUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bpl-Mir-12595-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUGGCUCCUGGCAAGAAAAGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Bpl-Mir-12595-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCUGACAGGUAGCCAUGUUU -59
Get sequence
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