| MirGeneDB ID | Sme-Mir-2-o56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-2-o51a Sme-Mir-2-o51b Sme-Mir-2-o52 Sme-Mir-2-o53 Sme-Mir-2-o54 Sme-Mir-2-o55 Sme-Mir-2-o57 Sme-Mir-2-o58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887621-5887681 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o56) |
Mir-71-P19
NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887508-5887571 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o56 NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887621-5887681 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o57 NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887731-5887790 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAAUGUUUAAAUUACAAAUGAUAAAAGGCAAUCUGAAGCUGGAUGUGUUAUGAAGCUUUUUUAUCAUAUCACAGCCAUGCUACAGAGUUACCAAACGUUUGCAAACGUCUCUAUGAACGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAAAUGUUUAAAUUACAAAUGAUAAAA- CAA- A -| A U AAGCU GG UCUG AGC UGG UGUG UAUG U CC AGAC UCG ACC ACAC AUAC U GGCAAGUAUCUCUGCAAACGUUUGCAAA AUUG A U^ G U UAUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sme-Mir-2-o56_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0011410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUCUGAAGCUGGAUGUGUUAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sme-Mir-2-o56_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAUGCUACAGAGUUA -61
Get sequence
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