| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4839 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003107598.1: 182979-183037 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUACGCUUACAUUGUUCAUUGAGUUGAUAAGUUUUUCCACUAUAUCUGUGUUGACAUUAAAUCCACAGAUAGUGGUAAGACUUGACCAACUUGUGUUCCAAUACCAUCAAAGACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUACGCUUACAUUGUUCAUU- A-| U UA UUGACA GAGUUG UAAGUUUU CCACUA UCUGUG \ UUCAAC GUUCAGAA GGUGAU AGACAC U GACAGAAACUACCAUAACCUUGUG CA^ U -- CUAAAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although there is no star recorded for Mir-4839 expression of the 5p arm is deeply conserved across enteropneusts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-4839_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUUUUUCCACUAUAUCUGUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Sko-Mir-4839_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGAUAGUGGUAAGACUUGAC -59
Get sequence
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