MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4839 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Sko-Mir-4839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD346064.1: 153036-153094 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUUAAAGGUCUUACUUAGCAUGGGUUGCUAAGUUUUUCCACUAUAACUGUGUGACCUUUGAAUUCACAGUUUGUGGAAAUACUUAACCAUCCUAUGUUAUCUUUGCAACUAAGGAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAUUUAAAGGUCUUACU- U C-| U UAU UGACCU UAGCAUGGG UG UAAGU UUUCCAC AACUGUG \ AUUGUAUCC AC AUUCA AAAGGUG UUGACAC U AAAGGAAUCAACGUUUCU U CA^ U U-- UUAAGU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there is no star recorded for Mir-4839 expression of the 5p arm is deeply conserved across enteropneusts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pfl-Mir-4839_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAGUUUUUCCACUAUAACUGUG -23
Get sequence
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Star sequence | Pfl-Mir-4839_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAGUUUGUGGAAAUACUUAAC -59
Get sequence
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