| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4829-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4829 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4829b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4829-P2 Sko-Mir-4829-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4829-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003105101.1: 415937-415996 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4829-P1) |
Mir-4829-P3
NW_003105101.1: 415480-415541 [-]
Mir-4829-P2 NW_003105101.1: 415704-415768 [-] Mir-4829-P1 NW_003105101.1: 415937-415996 [-] |
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| Seed | GUACUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAUGGGUACUUUAUUGUAGGGGGUGAGCCAGACAUUUGGAAAAGCACAUUUUGACACAGGCAAUAAUGUACUCUUCCCAAUGCCUGGGUCAAUCUUUGCACUUAAUCGUCGUGGUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAUGGGUACUUUAUU--| GG G A U A C UUGACA GUAGGG UGA CCAG CAUU GGAA AG ACAUU C CGUUUC ACU GGUC GUAA CCUU UC UGUAA A CAAUGGUGCUGCUAAUUCA^ UA G C C C A UAACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-4829-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGACAUUUGGAAAAGCACAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-4829-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUACUCUUCCCAAUGCCUGGG -60
Get sequence
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