MirGeneDB ID | Pma-Mir-30-P1o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-30-P1o3a Pma-Mir-30-P1o3b Pma-Mir-30-P1o4 Pma-Mir-30-P1o5 Pma-Mir-30-P2o3 Pma-Mir-30-P2o4 Pma-Mir-30-P2o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NW_022638108.1: 592658-592723 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGUCCCGGACCCGCUUGGCGUCCGGGAGCUGUAAACAUCCACGACUGGAAGCUGCCCCACUGUGGCCACGCGGCUUUCAGUCCGGUGUUUACGGCUCCCGCCAGCCCCUCCCUACAUGCAGCGGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGUCCCGGACCCGCUU--| GUC CAC GCCCCACU GGC CGGGAGCUGUAAACAUC GACUGGAAGCU G CCG GCCCUCGGCAUUUGUGG CUGACUUUCGG U GGGCGACGUACAUCCCUCC^ ACC C-- CGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are two snps between the assembled genome and the miRBase entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-30-P1o2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCACGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-30-P1o2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- CUUUCAGUCCGGUGUUUACGGC -66
Get sequence
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