| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4829-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4829 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4829-P1 Pfl-Mir-4829-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sko-Mir-4829-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD533351.1: 109846-109914 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4829-P2) |
Mir-4829-P1
LD533351.1: 109641-109700 [+]
Mir-4829-P2 LD533351.1: 109846-109914 [+] Mir-4829-P3 LD533351.1: 110032-110091 [+] |
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| Seed | GUACUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUUGGGAUCUAAUGUCGGGAAUAUUGGCCAGGCGUUUGUGUUGAGCACAUUGUGGUUGAUACAAAUACUUCUAAAUGUACUCUUCCCAACGCCUGGCUAAAAUUCCUCAACAACACAUCAGAGUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGUUGGGAUCUAAUGUC--| A UGUGUU C GUGGUUGAUA GGGAAU UUGGCCAGGCGUU GAG ACAUU C UCCUUA AAUCGGUCCGCAA CUC UGUAA A UGGUGAGACUACACAACAAC^ A CCCUU- A AUCUUCAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pfl-Mir-4829-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGCGUUUGUGUUGAGCACAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pfl-Mir-4829-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- UGUACUCUUCCCAACGCCUGGC -69
Get sequence
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