| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4818-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4818 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4818-P1 Pfl-Mir-4818-P2 Pfl-Mir-4818-P3 Pfl-Mir-4818-P4 Pfl-Mir-4818-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sko-Mir-4818-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD345931.1: 60006-60068 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4818-P6) |
Mir-4818-P6
LD345931.1: 60006-60068 [-]
Mir-4818-P5 LD345931.1: 60244-60301 [-] Mir-4818-P4 LD345931.1: 65041-65101 [-] Mir-4818-P3 LD345931.1: 65230-65289 [-] Mir-4818-P2 LD345931.1: 65538-65597 [-] Mir-4818-P1 LD345931.1: 65685-65745 [-] |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUAAACUGCAAGUAUUGCAUGUCAUGUAACCUUGCUAUCAUAUGCAAAGAGUGUGUGUCUACAAGGGUCUCAUUGCACAUGAUAGUGGGGCUACAUGUUAUUGUACUGACGGCAAUGUAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUAAACUGCAAGUAUU- UGU-| A UG A A UGUGUGUC GCA CAUGUA CCU CUAUCAU UGCAA GAG \ UGU GUACAU GGG GAUAGUA ACGUU CUC U ACUAUGUAACGGCAGUCA UAUU^ C GU C A UGGGAACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pfl-Mir-4818-P6_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUUGCUAUCAUAUGCAAAGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pfl-Mir-4818-P6_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAUUGCACAUGAUAGUGGGGCU -63
Get sequence
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