MirGeneDB ID | Pfl-Mir-2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2009 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pmi-Mir-2009 Spu-Mir-2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD355980.1: 422987-423047 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUGAUGCUUCUCUUUGGCAGUGUUUUGCGGUUUUUGUGGAACAACUCACAGAAACUUUCCAACUAUGUGAGUUGUCCCACAAAGAACACAGAAUGCUGUGGCUUACAUCUCGACAACUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAUGAUGCUUCUCUUUG--| CGG A GAAACUU GCAGUGUUUUG UUUUUGUGG ACAACUCACA \ UGUCGUAAGAC AGAAACACC UGUUGAGUGU U GUCAACAGCUCUACAUUCGG^ ACA C AUCAACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pfl-Mir-2009_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUUUUUGUGGAACAACUCACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Pfl-Mir-2009_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAGUUGUCCCACAAAGAACAC -61
Get sequence
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