MirGeneDB ID | Pdu-Mir-2689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2689 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dumerils clam worm (Platynereis dumerilii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-2689 Efe-Mir-2689-P1 Efe-Mir-2689-P2 Snu-Mir-2689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_026936325.1_EMBL_pdum_1.0) |
JAPTHN010000049.1: 2560195-2560254 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUGCAAGACUAAAGCCAUGUGAUUUCAGUGCAUUCGCAUGUCUGGAUGCAAUUACAUUUGCAUUUGUAUCCUGGCCUGCAAGUGCACAAACUCACUGGCGACGCUGCAUAUAAGAGGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGAUGCAAGACUAAAGC----| U UUUCA C U U AUUACA CA GUGA GUGCAUU GCA GUC GGAUGCA U GU CACU CACGUGA CGU CGG CCUAUGU U UGGAGAAUAUACGUCGCAGCG^ - CAAA- A C U UUACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pdu-Mir-2689_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAUUCGCAUGUCUGGAUGCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Pdu-Mir-2689_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUCCUGGCCUGCAAGUGCACA -60
Get sequence
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