| MirGeneDB ID | Pab-Mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 158465476-158465532 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v2) |
Mir-224
CM054702.2: 158464420-158464488 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-452-v1 CM054702.2: 158465475-158465535 [-] UCSC Ensembl Mir-452-v2 CM054702.2: 158465476-158465532 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pab-Mir-452-v2 |
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| Seed | GUUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGUCUUAUAAUUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGUAACUAUGUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCUCCUUGAGAGGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGUCUUAUAAUUGCU----| AA GU G A UUUGU AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGAC \ UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCUG A UUGGAGAGUUCCUCGAACCGU^ AA -- A C UAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-452-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-452-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAG -57
Get sequence
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| Variant | Pab-Mir-452-v1 |
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| Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCCUGUCUUAUAAUUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGUAACUAUGUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCUCCUUGAGAGGUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCUGUCUUAUAAUU--| U AA GU G A CUUUGU GC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGA \ CG UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCU A AUUGGAGAGUUCCUCGAAC^ U AA -- A C GUAUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-452-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGA -24
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-452-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGU -61
Get sequence
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