MirGeneDB ID | Pab-Mir-3934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3934 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-3934 Mml-Mir-3934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054684.2: 33946661-33946721 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCCACACAGCCCUUCCUGUCCCCAAUUUUCAGGUGUGGAAUCUGAGGCAGGAAGCAGUGAAGUAACUUGCUCAGGUUGCACAGCUGGGAAGUGGAGCAGGGAUUUGGAUCCUUGUGUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCACACAGCCCUUC---| CC A UU G G G AAGCAG CUGU CCA UU CAG UGUG AAUCUGAG CAGG U GACG GGU AA GUC ACAC UUGGACUC GUUC G UGUGUGUUCCUAGGUUUAGG^ A- G GG G G - AAUGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-3934_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGGUGUGGAAUCUGAGGCAGG -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Pab-Mir-3934_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGCUCAGGUUGCACAGCUGGGA -61
Get sequence
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