| MirGeneDB ID | Pab-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 91391395-91391456 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v2) |
Mir-361-v1
CM054702.2: 91391394-91391457 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 CM054702.2: 91391395-91391456 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pab-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUGAUUUUUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUUAUAAUUUCAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUUUCCUCCUCCUGCUCUGAGAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUGAUUUUUUUCCUG-- UUU UU U--| A U UUAUAA GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU U CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U CUAAGAGUCUCGUCCUCCU UUU UU UGU^ A C AAAACU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-361-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -62
Get sequence
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| Variant | Pab-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGUGAUUUUUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUUAUAAUUUCAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUUUCCUCCUCCUGCUCUGAGAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAGUGAUUUUUUUCCU-- UUU UU U--| A U UUUAUAA GGGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC U UCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U ACUAAGAGUCUCGUCCUCC UUU UU UGU^ A C AAAAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-361-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -64
Get sequence
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