MirGeneDB ID | Pab-Mir-1295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1295 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-1295 Hsa-Mir-1295 Mml-Mir-1295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054679.2: 78979693-78979753 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGGCCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGGGAGCUCCUGAGAAAAGAGGACAUUUUCCCCAGAUCCGUGGCCUAUUCAGAAAUGUGGCCUGUGAUUAGGCCGCAGAUCUGGGUGAAAUGUCCUCCUUCUGUGACCAAAGAAGGUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGGGGAGCUCCUGAGAAAA--| UC C U AGAAAUG GAGGACAUUU CCCAGAUC GUGGCCUA UC \ CUCCUGUAAA GGGUCUAG CGCCGGAU AG U AGUGGAAGAAACCAGUGUCUUC^ GU A U UGUCCGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-1295_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCCCAGAUCCGUGGCCUAUUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-1295_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUAGGCCGCAGAUCUGGGUGAA -61
Get sequence
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