MirGeneDB ID | Cja-Mir-1295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1295 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-1295 Mml-Mir-1295 Pab-Mir-1295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021932.1: 25074233-25074293 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUGGGAAGUUCUUGAAAAAGAAUAUUUUACCCAGAUCCAUGGCCUAAUCAUAGAUGUGACCUGUAAUUAGGCUGCAGAUCUGGGUGAAAUGCCCUCCUUCUGUGACCAAAGAAAGUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGUUUGGGAAGUUCUUGAAAA--| AA CA CAUAGAUG AG UAUUUUACCCAGAUC UGGCCUAAU \ UC GUAAAGUGGGUCUAG GUCGGAUUA U AGUGAAAGAAACCAGUGUCUUCC^ CC AC AUGUCCAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-1295_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCAGAUCCAUGGCCUAAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-1295_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUAGGCUGCAGAUCUGGGUGAA -61
Get sequence
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