| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12584 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Obi-Mir-12584-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01012207.1: 1451428-1451488 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12584-v1) |
Mir-12584-v1
RXHP01012207.1: 1451428-1451488 [+]
Ensembl
Mir-12584-v2 RXHP01012207.1: 1451429-1451487 [+] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12584-v1 |
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| Seed | CUGAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAACGAUGAGUGAAAAGCCUGGAAAAGUCUGAGCAAAGGAAAUGUUAGGCCGUAAAAUAUUCCUGGCAGCAUGUUCUUUUCUCUGAUUAGUCCAGGUUUCAAACAAUCGCGUGGAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGGAACGAUGAGUGAA--| AA U C A AG GUAAAA AAGCCUGGA AGUC GAG AAAGGA AUGUU GCC \ UUUGGACCU UUAG CUC UUUCUU UACGA CGG U UAAAGGUGCGCUAACAAAC^ GA U U G -- UCCUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12584-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGAGCAAAGGAAAUGUUAGGCC -24
Get sequence
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| Star sequence | Ovu-Mir-12584-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGCAUGUUCUUUUCUCUGAUU -61
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12584-v2 |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAACGAUGAGUGAAAAGCCUGGAAAAGUCUGAGCAAAGGAAAUGUUAGGCCGUAAAAUAUUCCUGGCAGCAUGUUCUUUUCUCUGAUUAGUCCAGGUUUCAAACAAUCGCGUGGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGAACGAUGAGUGAAA--| AA U C A AG UAAAA AGCCUGGA AGUC GAG AAAGGA AUGUU GCCG \ UUGGACCU UUAG CUC UUUCUU UACGA CGGU U AAAGGUGCGCUAACAAACU^ GA U U G -- CCUUA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12584-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGAGCAAAGGAAAUGUUAGGCCG -24
Get sequence
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| Star sequence | Ovu-Mir-12584-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCAGCAUGUUCUUUUCUCUGAU -59
Get sequence
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