| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12568 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Obi-Mir-12568-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01063117.1: 62344-62399 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12568-v1) |
Mir-12568-v2
RXHP01063117.1: 62343-62400 [-]
Ensembl
Mir-12568-v1 RXHP01063117.1: 62344-62399 [-] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12568-v1 |
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| Seed | CUGAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCAAGGAAUAGUUUACCGUAAAAAUGUUUCUGAGUUCCUCAGUCAGUGAAAUAUGCCAAUGCACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAACAUUAUUAUGGAAUUUUGACGUAAACCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCAAGGAAUAGUUUA-- A -| AG CU AAAUAU CCGUAA AAUG UUUCUG UUC CAGUCAGUG \ GGUAUU UUAC AAAGAC AAG GUUAGUCAC G CAACCAAAUGCAGUUUUAA A A^ GG AG GUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12568-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGAGUUCCUCAGUCAGUGA -21
Get sequence
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| Star sequence | Ovu-Mir-12568-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- CACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAA -56
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12568-v2 |
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| Seed | UCUGAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCCAAGGAAUAGUUUACCGUAAAAAUGUUUCUGAGUUCCUCAGUCAGUGAAAUAUGCCAAUGCACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAACAUUAUUAUGGAAUUUUGACGUAAACCAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCCAAGGAAUAGUUUA-- A -| AG CU AAAUAU CCGUAA AAUG UUUCUG UUC CAGUCAGUG \ GGUAUU UUAC AAAGAC AAG GUUAGUCAC G UCAACCAAAUGCAGUUUUAA A A^ GG AG GUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12568-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUGAGUUCCUCAGUCAGUG -21
Get sequence
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| Star sequence | Ovu-Mir-12568-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAAC -58
Get sequence
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