| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12561 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12561-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01060271.1: 21383-21438 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12561-v2) |
Mir-12561-v1
RXHP01060271.1: 21383-21438 [+]
Ensembl
Mir-12561-v2 RXHP01060271.1: 21383-21438 [+] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12561-v2 |
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| Seed | GUCCAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAAUCCGAAAAUGAUGUAGGAUUCGCCGUCUACUUGCGCCGUGGAUAUUGUGAUAACAAAGGAUGUCCAUAGCACACGUGGAUGGCGUCUUCUAUAUAAACGCACGUCGGAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAAUCCGAAAAUGAU--| UU U C CG GUGAU GUAGGA CGCCGUCUAC UG GC UGGAUAUU A UAUCUU GCGGUAGGUG AC CG ACCUGUAG A CAGAGGCUGCACGCAAAUA^ CU C A AU GAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12561-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUACUUGCGCCGUGGAUAUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12561-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUCCAUAGCACACGUGGAUG -56
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12561-v1 |
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| Seed | CUACUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAAUCCGAAAAUGAUGUAGGAUUCGCCGUCUACUUGCGCCGUGGAUAUUGUGAUAACAAAGGAUGUCCAUAGCACACGUGGAUGGCGUCUUCUAUAUAAACGCACGUCGGAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAAUCCGAAAAUGAU--| UU U C CG GUGAU GUAGGA CGCCGUCUAC UG GC UGGAUAUU A UAUCUU GCGGUAGGUG AC CG ACCUGUAG A CAGAGGCUGCACGCAAAUA^ CU C A AU GAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12561-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUACUUGCGCCGUGGAUAUUG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ovu-Mir-12561-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUGUCCAUAGCACACGUGGAUG -56
Get sequence
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