| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12526 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12526-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01032018.1: 349847-349905 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12526-v2) |
Mir-12526-v1
RXHP01032018.1: 349846-349906 [-]
Ensembl
Mir-12526-v2 RXHP01032018.1: 349847-349905 [-] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12526-v2 |
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| Seed | UUUCCCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUACUGAUGACAAUGAUGGCUUGGCAGACAGACCUUUUCAGAAGGGGAAAAAUUAGGUUUCUCCAUUUUUCCCGCUGAAAAAGCCUUCCUGCCAAGACUCCUACCCAGGUUGUCAACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUACUGAUGACAAUGAU- -| AC ACC AA AUUAGG GG CUUGGCAG AG UUUUCAG GGGGAAAA U UC GAACCGUC UC AAAAGUC CCCUUUUU U GCAACUGUUGGACCCAUCC A^ CU CGA G- ACCUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12526-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCUUUUCAGAAGGGGAAAAA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12526-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUUUCCCGCUGAAAAAGCCUUC -59
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12526-v1 |
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| Seed | UUCCCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGUACUGAUGACAAUGAUGGCUUGGCAGACAGACCUUUUCAGAAGGGGAAAAAUUAGGUUUCUCCAUUUUUCCCGCUGAAAAAGCCUUCCUGCCAAGACUCCUACCCAGGUUGUCAACGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGUACUGAUGACAAUGAU- -| AC ACC AA AUUAGG GG CUUGGCAG AG UUUUCAG GGGGAAAA U UC GAACCGUC UC AAAAGUC CCCUUUUU U AGCAACUGUUGGACCCAUCC A^ CU CGA G- ACCUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12526-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGACCUUUUCAGAAGGGGAAAA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12526-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUCCCGCUGAAAAAGCCUUCC -61
Get sequence
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