| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12522 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12522-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01024537.1: 172295-172352 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12522-v2) |
Mir-12522-v1
RXHP01024537.1: 172294-172353 [-]
Ensembl
Mir-12522-v2 RXHP01024537.1: 172295-172352 [-] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12522-v2 |
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| Seed | UUUAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUCUCAGAAGAUCGAGGACUCCUGUACCCCGUGUAACAGUUCUGAGACCUAGAAUAUAAGACGAGGUUUAAGACUGUCCCACGGGCUAAAGGAAUCUAUAUAGCAGCACGAGACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUUCUCAGAAGAUCGA--| C G C UA U G AGAAUA GGA UCCU UA CCCGUG ACAGU CU AGACCU \ UCU AGGA AU GGGCAC UGUCA GA UUUGGA U UCCAGAGCACGACGAUAUA^ A A C CC - A GCAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +! on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12522-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGUGUAACAGUUCUGAGACCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12522-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUUUAAGACUGUCCCACGGGC -58
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12522-v1 |
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| Seed | UUAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUCUCAGAAGAUCGAGGACUCCUGUACCCCGUGUAACAGUUCUGAGACCUAGAAUAUAAGACGAGGUUUAAGACUGUCCCACGGGCUAAAGGAAUCUAUAUAGCAGCACGAGACCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUCUCAGAAGAUCGA--| C G C UA U G UAGAAUA GGA UCCU UA CCCGUG ACAGU CU AGACC \ UCU AGGA AU GGGCAC UGUCA GA UUUGG U AUCCAGAGCACGACGAUAUA^ A A C CC - A AGCAGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +! on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12522-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCGUGUAACAGUUCUGAGACC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12522-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUAAGACUGUCCCACGGGCU -60
Get sequence
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