| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12506-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Npo-Mir-12506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01074648.1: 88005-88068 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12506-v2) |
Mir-12506-v1
RXHP01074648.1: 88005-88068 [-]
Ensembl
Mir-12506-v2 RXHP01074648.1: 88005-88068 [-] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12506-v2 |
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| Seed | GGAUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGUUACAGAAGUCAGCCAUUUGUAUGCAGUUAGUGGUAAAGCCCUUGCAUUAGGUAUCUGAAGUGUUGCAGGAUCUUUAGUCACUAGCUGCAUAAGGAUGGUACCGUACAUCAUGUGAUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGUUACAGAAGUCA-- UG -| CC AUUAGGUAU GCCAUU UAUGCAGUUAGUGG UAAAG CUUGC \ UGGUAG AUACGUCGAUCACU AUUUC GGACG C CAUAGUGUACUACAUGCCA GA G^ UA UUGUGAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12506-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUAGUGGUAAAGCCCUUGC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12506-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGGAUCUUUAGUCACUAGCUGC -64
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12506-v1 |
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| Seed | AGGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGUUACAGAAGUCAGCCAUUUGUAUGCAGUUAGUGGUAAAGCCCUUGCAUUAGGUAUCUGAAGUGUUGCAGGAUCUUUAGUCACUAGCUGCAUAAGGAUGGUACCGUACAUCAUGUGAUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGUUACAGAAGUCA-- UG -| CC UUAGGUAU GCCAUU UAUGCAGUUAGUGG UAAAG CUUGCA \ UGGUAG AUACGUCGAUCACU AUUUC GGACGU C CAUAGUGUACUACAUGCCA GA G^ UA UGUGAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12506-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUAGUGGUAAAGCCCUUGCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12506-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGGAUCUUUAGUCACUAGCUGC -64
Get sequence
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