| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12500 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12500-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Npo-Mir-12500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01019472.1: 106418-106478 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12500-v2) |
Mir-12500-v1
RXHP01019472.1: 106418-106478 [+]
Ensembl
Mir-12500-v2 RXHP01019472.1: 106418-106478 [+] Ensembl Mir-12500-v3 RXHP01019472.1: 106418-106478 [+] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12500-v2 |
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| Seed | GUCGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCCUGUGAAGUAAGGGUAGCUCCAGCCAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGGGAAUUCUCUCACCUUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGUGGGUUCCACCCCAGAUUCUACUAUAUAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCCUGUGAAGUAA-- --| U G CC C- A GGAAUU GGGU AGC CCA CCAAACA CCG CGGCUGA AAG \ CCCA UUG GGU GGUUUGU GGC GUCGGCU UUC C UGUAUAUAUCAUCUUAGAC CC^ - - U- CA G CACUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12500-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAACACCCCGCCGGCUGAAAAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12500-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGU -61
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12500-v1 |
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| Seed | UGUCGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCCUGUGAAGUAAGGGUAGCUCCAGCCAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGGGAAUUCUCUCACCUUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGUGGGUUCCACCCCAGAUUCUACUAUAUAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCCUGUGAAGUAA-- --| U G CC C- A GAAUU GGGU AGC CCA CCAAACA CCG CGGCUGA AAGG \ CCCA UUG GGU GGUUUGU GGC GUCGGCU UUCC C UGUAUAUAUCAUCUUAGAC CC^ - - U- CA G ACUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12500-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12500-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGU -61
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12500-v3 |
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| Seed | UCGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCCUGUGAAGUAAGGGUAGCUCCAGCCAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGGGAAUUCUCUCACCUUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGUGGGUUCCACCCCAGAUUCUACUAUAUAUGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCCUGUGAAGUAA-- --| U G CC C- A GGGAAUU GGGU AGC CCA CCAAACA CCG CGGCUGA AA \ CCCA UUG GGU GGUUUGU GGC GUCGGCU UU C UGUAUAUAUCAUCUUAGAC CC^ - - U- CA G CCACUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12500-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAACACCCCGCCGGCUGAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12500-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUCGGCUGACCGGUUGUUUGGU -61
Get sequence
|
