| MirGeneDB ID | Ocu-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | OCU-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0033: 388968-389026 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Mir-105-P1
chrUn0033: 388180-388238 [+]
UCSC
Ensembl
Novel-1 chrUn0033: 388968-389026 [+] UCSC Ensembl Mir-105-P2 chrUn0033: 390331-390389 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUGAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUCAGGAUGUCUGGGUGUACAUCAUGGUGAAAUGCUCAAACAUCAGUGGUAGUUGUUCAUGCACCAUGAUUGUCUGAGCAUAUGCCAUGAUAUCCCCUCUAGCAUCACUGUCAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCUCAGGAUGUCUGGGUGUAC--| GAA A UCA AGUUG AUCAUGGU AUGCUCA ACA GUGGU U UAGUACCG UACGAGU UGU UACCA U UAUACUGUCACUACGAUCUCCCCUA^ UA- C UAG CGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This is offset from mir-767 which is not accepted but this appears to be a bona fide miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Novel-1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAUGCUCAAACAUCAGUGGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Novel-1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUGAUUGUCUGAGCAUAUGCC -59
Get sequence
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