| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-12093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12093 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-12093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0033: 727960-728017 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12093) |
Mir-452-v1
chrUn0033: 726712-726772 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-452-v2 chrUn0033: 726715-726771 [+] UCSC Ensembl Mir-224 chrUn0033: 727743-727810 [+] UCSC Ensembl Mir-12093 chrUn0033: 727960-728017 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAGCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCGUCUUGAAUCAUGGUUUCUCCAGUGUCAGAGCUACCUCUGGGACUGGUUUCAAACUCUUCUAGUCAGCCCCUGGGGUAGUUCUGACUGGAGCAGACUUAUGUAUUCAUCCCCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCGUCUUGAAUCAUGG--- -| GU U A GU UCAAA UUU CUCCA GUCAGAGCUACCUC GGG CUG U C AGA GAGGU CAGUCUUGAUGGGG CCC GAC A U GAACCCCUACUUAUGUAUUC C^ -- U C UG UCUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-12093_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGCUACCUCUGGGACUGGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-12093_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCAGCCCCUGGGGUAGUUCUGA -58
Get sequence
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