MirGeneDB ID | Obi-Mir-12568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12568 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Obi-Mir-12568-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ426666: 108507-108564 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12568-v2) |
Mir-12568-v2
KQ426666: 108507-108564 [-]
Ensembl
Mir-12568-v1 KQ426666: 108508-108563 [-] Ensembl |
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Variant | Obi-Mir-12568-v2 |
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Seed | UCUGAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCAAAGGUAUAGUUUACCGUAAAAAUGUUUCUGAGUUCCUCAGUCAGUGAAAUAUGCCAAUGCACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAACAUUAUUAUGGAAUUUUGACGUAAACCAACUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUCCAAAGGUAUAGUUUA-- A -| AG CU AAAUAU CCGUAA AAUG UUUCUG UUC CAGUCAGUG \ GGUAUU UUAC AAAGAC AAG GUUAGUCAC G UCAACCAAAUGCAGUUUUAA A A^ GG AG GUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Obi-Mir-12568-v2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCUGAGUUCCUCAGUCAGUG -21
Get sequence
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Star sequence | Obi-Mir-12568-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- ACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAAC -58
Get sequence
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Variant | Obi-Mir-12568-v1 |
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Seed | CUGAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAAAGGUAUAGUUUACCGUAAAAAUGUUUCUGAGUUCCUCAGUCAGUGAAAUAUGCCAAUGCACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAACAUUAUUAUGGAAUUUUGACGUAAACCAACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCCAAAGGUAUAGUUUA-- A -| AG CU AAAUAU CCGUAA AAUG UUUCUG UUC CAGUCAGUG \ GGUAUU UUAC AAAGAC AAG GUUAGUCAC G CAACCAAAUGCAGUUUUAA A A^ GG AG GUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Obi-Mir-12568-v1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUGAGUUCCUCAGUCAGUGA -21
Get sequence
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Star sequence | Obi-Mir-12568-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- CACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAA -56
Get sequence
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