| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12566-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12566 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Obi-Mir-12566-P2 Obi-Mir-12566-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ovu-Mir-12566-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ417213: 413353-413412 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12566-P1) |
Mir-12566-P1
KQ417213: 413353-413412 [+]
Ensembl
Mir-12566-P2 KQ417213: 420569-420627 [+] Ensembl Mir-12566-P3 KQ417213: 421458-421518 [+] Ensembl |
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| Seed | UAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACUGGUUCAACAUUAUGAGUAAGAAGGCUUGUGUUUCUUGAUGCAUUCCACAGUUUAUUAUAUACUUUAAAUGCACCAAGAAUCACGAUUCUUCUGGCUCCCUUCAUCACUGAACAUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UACUGGUUCAACAUUAU--| A GC U A CCAC UUUAU GAGU AGAAG UUGUG UUCUUG UGCAUU AG \ CUCG UCUUC AGCAC AAGAAC ACGUAA UC U AAUACAAGUCACUACUUCC^ G UU U C AUU- AUAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12566-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUUUCUUGAUGCAUUCCACAG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12566-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUAAAUGCACCAAGAAUCACGAU -60
Get sequence
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