MirGeneDB ID | Obi-Mir-12559-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12559 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Obi-Mir-12559-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ovu-Mir-12559-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ415882: 267322-267380 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAUAUCUAAAUAUGAGGUGUCCACUGAAUGCUGGAAGACGGGUAAUGGGUGUACAAUACUGGAGCACCCAAUCAGUCGUCCAACAUCCAGAGGAUUCUGCGCUACUCCGAAUGAGAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAUAUCUAAAUAUGA--| U A A C A G AA ACAAU GG GUCC CUG AUG UGGA GAC GGU UGGGUGU \ UC UAGG GAC UAC ACCU CUG CUA ACCCACG A AAGAGUAAGCCUCAUCGCG^ U A C A G A -- AGGUC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Obi-Mir-12559-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCUGGAAGACGGGUAAUGGGUGU -24
Get sequence
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Star sequence | Obi-Mir-12559-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACCCAAUCAGUCGUCCAACAUC -59
Get sequence
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