| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12535 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12535-v1 Ovu-Mir-12535-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ416924: 379553-379613 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12535-v1) |
Mir-12535-v1
KQ416924: 379553-379613 [+]
Ensembl
Mir-12535-v2 KQ416924: 379553-379613 [+] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12535-v1 |
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| Seed | UCAUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAUGUUGAUCCAACAGAUAGAGCCAGUACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAUACGUUUUAGGAAGACAUUUCAUCAUUCACAAGGCUGCACUGUCGCUGUCUACAUCAACAUUAGAGCCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAUGUUGAUCCAAC--| AGC A CA C ACGUUUU AGAUAG CAGU CAGCCUUG GAUGGU AAAU \ UCUGUC GUCA GUCGGAAC UUACUA UUUA A UUCCGAGAUUACAACUACA^ GCU C AC C CAGAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12535-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12535-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUCAUCAUUCACAAGGCUGCAC -61
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12535-v2 |
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| Seed | UUCAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAUGUUGAUCCAACAGAUAGAGCCAGUACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAUACGUUUUAGGAAGACAUUUCAUCAUUCACAAGGCUGCACUGUCGCUGUCUACAUCAACAUUAGAGCCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAUGUUGAUCCAAC--| AGC A CA C ACGUUUU AGAUAG CAGU CAGCCUUG GAUGGU AAAU \ UCUGUC GUCA GUCGGAAC UUACUA UUUA A UUCCGAGAUUACAACUACA^ GCU C AC C CAGAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12535-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12535-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUUCAUCAUUCACAAGGCUGCAC -61
Get sequence
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