| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12513 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12513 Ovu-Mir-12513-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ416971: 45158-45213 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12513-v1) |
Mir-12513-v1
KQ416971: 45158-45213 [+]
Ensembl
Mir-12513-v2 KQ416971: 45159-45212 [+] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12513-v1 |
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| Seed | UCCGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGAUGAACGCAUCUCACGGGUCAACACGUUCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCUCUUAGUUAAAAGCCGGACUUGAAAAAUCGGAGUGUGUGAGCCGAUUCAGACACGAGACUAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGAUGAACGCAUCUCA--| G A G U CUUA CGG UCA CACGUUCCGAUU UUC AAGUCCGGCU G GCC AGU GUGUGAGGCUAA AAG UUCAGGCCGA U ACAAUCAGAGCACAGACUUA^ G - A - AAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Obi-Mir-12513-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Obi-Mir-12513-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCGGACUUGAAAAAUCGGAGU -56
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12513-v2 |
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| Seed | CCGAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAUGAACGCAUCUCACGGGUCAACACGUUCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCUCUUAGUUAAAAGCCGGACUUGAAAAAUCGGAGUGUGUGAGCCGAUUCAGACACGAGACUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAUGAACGCAUCUCA--| G A G U CUUA CGG UCA CACGUUCCGAUU UUC AAGUCCGGCU G GCC AGU GUGUGAGGCUAA AAG UUCAGGCCGA U CAAUCAGAGCACAGACUUA^ G - A - AAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Obi-Mir-12513-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCUC -23
Get sequence
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| Star sequence | Obi-Mir-12513-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- GCCGGACUUGAAAAAUCGGAG -54
Get sequence
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