| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Npo-Mir-12506 Ovu-Mir-12506-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ418355: 389258-389321 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12506-v1) |
Mir-12506-v1
KQ418355: 389258-389321 [-]
Ensembl
Mir-12506-v2 KQ418355: 389258-389321 [-] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12506-v1 |
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| Seed | AGGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGUUACAGAAGUCAGCCGUUUGUAUGCAGUUAGUGGUAAAGCCCUUGCAUUAGGUAUCUGAAGUGUUGCAGGAUCUUUAGUCACUAGCUGCAUAAGGAUGGCACCGUACAUCAUGUGAUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGUUACAGAAGUCA-- UG -| CC UUAGGUAU GCCGUU UAUGCAGUUAGUGG UAAAG CUUGCA \ CGGUAG AUACGUCGAUCACU AUUUC GGACGU C CAUAGUGUACUACAUGCCA GA G^ UA UGUGAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12506-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUAGUGGUAAAGCCCUUGCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12506-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGGAUCUUUAGUCACUAGCUGC -64
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12506-v2 |
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| Seed | GGAUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGUUACAGAAGUCAGCCGUUUGUAUGCAGUUAGUGGUAAAGCCCUUGCAUUAGGUAUCUGAAGUGUUGCAGGAUCUUUAGUCACUAGCUGCAUAAGGAUGGCACCGUACAUCAUGUGAUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGUUACAGAAGUCA-- UG -| CC AUUAGGUAU GCCGUU UAUGCAGUUAGUGG UAAAG CUUGC \ CGGUAG AUACGUCGAUCACU AUUUC GGACG C CAUAGUGUACUACAUGCCA GA G^ UA UUGUGAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12506-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUAGUGGUAAAGCCCUUGC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12506-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGGAUCUUUAGUCACUAGCUGC -64
Get sequence
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