| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1376 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 94770564-94770621 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1376) |
Mir-1422-P13
NC_041749.1: 94731555-94731614 [-]
Mir-1422-P12 NC_041749.1: 94733107-94733168 [-] Mir-1422-P1 NC_041749.1: 94735825-94735883 [-] Mir-1422-P2 NC_041749.1: 94736816-94736874 [-] Mir-1422-P3 NC_041749.1: 94737600-94737660 [-] Mir-1422-P4 NC_041749.1: 94738351-94738409 [-] Mir-1422-P5 NC_041749.1: 94739031-94739089 [-] Mir-1422-P6 NC_041749.1: 94740235-94740295 [-] Mir-1422-P7 NC_041749.1: 94741858-94741917 [-] Mir-1422-P8 NC_041749.1: 94743026-94743086 [-] Mir-1422-P9 NC_041749.1: 94746545-94746603 [-] Mir-1422-P10 NC_041749.1: 94747570-94747631 [-] Mir-1422-P11 NC_041749.1: 94748332-94748391 [-] Mir-1422-P18 NC_041749.1: 94754440-94754500 [-] Mir-1422-P14 NC_041749.1: 94758854-94758914 [-] Mir-1422-P15 NC_041749.1: 94759650-94759706 [-] Mir-1422-P16 NC_041749.1: 94762729-94762788 [-] Mir-1422-P17 NC_041749.1: 94763638-94763693 [-] Mir-1376 NC_041749.1: 94770564-94770621 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGACAAGACUCCUUAACAGUGCCCUGCAGGCUCAGCAGCACUCUUUCUCAAUUUUUUAACUAUUUAGAAAGUUGGGCUGUUGAGACCGUUGGACAUUGACUGAUCUCCUGGAGCCAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGACAAGACUCCUUAA-- C U A - ACU-| CAAUUUUU CAGUG CC GC GG CUCAGCAGC CUUUCU \ GUUAC GG UG CC GAGUUGUCG GAAAGA U UACCGAGGUCCUCUAGUCA A U - A GGUU^ UUUAUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-1376_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCAGCAGCACUCUUUCUCAA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-1376_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAGAAAGUUGGGCUGUUGAGACC -58
Get sequence
|
