| MirGeneDB ID | Neu-Mir-1542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-1542 Sha-Mir-1542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051815.1: 290443429-290443490 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCGACGGAUCUCCAAAGCCUAGUCCAGUGCCUGGCACAUAGGAGCUUCAUAAAUGUGUGUUCAUUUAUUUAUUGAUCUCCAAUGCCUAGCACUGUGCCUGGCAAUAAGAACUUCAUAAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCGACGGAUCUCCAAA--| UA UC CU CAUA CU - UGUGUG GCC G CAGUGC GGCA GGAG UCA UAAA U CGG C GUCACG CCGU CCUC AGU AUUU U GGAAAUACUUCAAGAAUAA^ UC GU AU AA-- U- U AUUUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Neu-Mir-1542_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUGGCACAUAGGAGCUUCAUAAA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Neu-Mir-1542_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUUGAUCUCCAAUGCCUAGCA -62
Get sequence
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