| MirGeneDB ID | Neu-Mir-12316-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12316 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Neu-Mir-12316-P1-v1 Neu-Mir-12316-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-12316-P1-v1 Sha-Mir-12316-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051813.1: 735787892-735787956 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12316-P1-v2) |
Mir-12316-P2-v1
CM051813.1: 735774482-735774546 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12316-P2-v2 CM051813.1: 735774482-735774546 [-] UCSC Ensembl Mir-12316-P1-v1 CM051813.1: 735787892-735787956 [-] UCSC Ensembl Mir-12316-P1-v2 CM051813.1: 735787892-735787956 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Neu-Mir-12316-P1-v2 |
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| Seed | UUGAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUCUUAUUCAGGUGUUGGUUGGACUAGAUGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACUCCGACAUUCUGUAAUUGGUUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUUUGGUCCAUCCCUCUGCCUCCAAACCAGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUCUUAUUCAGGUGUU--| U GG - C CCGACAU GG UGGACUAGAUGGCCUCUGA UUCCUU C AACU U CC ACCUGGUUUACUGGAGACU AGGGAA G UUGG C UCAGACCAAACCUCCGUCUC^ U -- A U UUAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Neu-Mir-12316-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Neu-Mir-12316-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUU -65
Get sequence
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| Variant | Neu-Mir-12316-P1-v1 |
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| Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUCUUAUUCAGGUGUUGGUUGGACUAGAUGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACUCCGACAUUCUGUAAUUGGUUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUUUGGUCCAUCCCUCUGCCUCCAAACCAGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUCUUAUUCAGGUGUU--| U GG - C UCCGACAU GG UGGACUAGAUGGCCUCUGA UUCCUU C AAC U CC ACCUGGUUUACUGGAGACU AGGGAA G UUG C UCAGACCAAACCUCCGUCUC^ U -- A U GUUAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Neu-Mir-12316-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Neu-Mir-12316-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUU -65
Get sequence
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