| MirGeneDB ID | Nag-Novel-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | NAG-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Thorny-headed worm 1 (Neoechinorhynchus agilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Nag-Novel-1-P1 Nag-Novel-1-P3 Nag-Novel-1-P4 Nag-Novel-1-P5 Nag-Novel-1-P6 Nag-Novel-1-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | N.agilis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | N.agilis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (N_agilis_genome_min1000_bacfree) |
k149_9498: 479-538 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1-P2) |
Novel-1-P2
k149_9498: 479-538 [-]
Ensembl
Novel-1-P7 k149_9498: 657-716 [-] Ensembl |
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| Seed | AAGGAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUGGUCCUGAAUUUGUUUCCAAAUCAAUGAAAGGAAUUUAAGAACAAAUCGAUGAAACAAAGUAUCGAUUGGUCUUAAAAUUCCUUUCAUUGAUUCUGAAUUUGUUUCCAUAUCAAUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUGGUCCUGAAUUUGU-- CA -| ACA AUGAAA UUC AAUCAAUGAAAGGAA UUUAAGA AAUCG C AAG UUAGUUACUUUCCUU AAAUUCU UUAGC A AGUAACUAUACCUUUGUUU UC A^ GG- UAUGAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Nag-Novel-1-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGGAAUUUAAGAACAAAUCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Nag-Novel-1-P2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUUGGUCUUAAAAUUCCUUUCA -60
Get sequence
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