| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-873a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-873 Mmr-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr4: 36668520-36668576 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v2) |
Mir-873-v1
chr4: 36668519-36668577 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 chr4: 36668520-36668576 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-873-v2 |
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| Seed | CAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCAGCUUAAAAUCAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUAGACAGGAGACUGACAAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUGGUUUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACCAGCUUAAAAUCAG--| UGCAUUUGCA G AUUGAA UUUGUG GGAACUUGU AGUCUCCU \ AAACAC CCUUGAACA UCAGAGGA A CAUCUUUGGUCAUCCUUCU^ CCACAAGGGC G CAGAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-873-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGAACUUGUGAGUCUCCUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004936 TargetScanVert: mmu-miR-873a-5p.1 miRDB: MIMAT0004936 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-873-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GGAGACUGACAAGUUCCCGGGA -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-873a-3p miRDB: MIMAT0017279 |
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| Variant | Mmu-Mir-873-v1 |
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| Seed | GCAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACCAGCUUAAAAUCAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUAGACAGGAGACUGACAAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUGGUUUCUACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCACCAGCUUAAAAUCA--| UGCAUUUGCA G AUUGAA GUUUGUG GGAACUUGU AGUCUCCU \ UAAACAC CCUUGAACA UCAGAGGA A CCAUCUUUGGUCAUCCUUC^ CCACAAGGGC G CAGAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-873-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGGAACUUGUGAGUCUCCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004936 TargetScanVert: mmu-miR-873a-5p.1 miRDB: MIMAT0004936 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-873-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAGACUGACAAGUUCCCGGGAA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-873a-3p miRDB: MIMAT0017279 |
