| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-5621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5621 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-5621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr11: 115795824-115795886 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGCCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCAUCCGGCUCAUUGAGCAGGUGGGGCUCAGGAGGUCCUGGGGCCGCCCUGAAGGCAGAACAUGAGAAUUCUGGGCCCUCCAGACCUCAUGCUUCCUGCCUGUGUGGCCUGCCUGGGAGGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCAUCCGGCUCAUUGA--| UG CU G C CC U AGGCAGAA GCAGG GGG CA GAGGUC UGGGG GCCC GA \ UGUCC CCU GU CUCCAG ACCUC CGGG CU C AGGGAGGGUCCGUCCGGUG^ GU UC A - C- U UAAGAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-5621_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAGGUCCUGGGGCCGCCCUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-5621-5p miRDB: MIMAT0022369 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-5621_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGGGCCCUCCAGACCUCAUGC -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-5621-3p miRDB: MIMAT0022370 |
