| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1964 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr7: 29773305-29773365 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGACUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAACACAAACAUCUUAACCUUUCUUGCGAAGCUGGAGCACAAAAGCCGGUGCCGGUGUGAUGCCUACACCGACUUCUGGGCUCCGGCUUUGGAAGGAAGGAGGUAGCCUCGGCUGGCAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAACACAAACAUCUUAA--| G A A C CCGGUGU CCUUUCUU CGAAGCUGGAGC CA AAG CGGUG \ GGAAGGAA GUUUCGGCCUCG GU UUC GCCAC G UUACGGUCGGCUCCGAUGGA^ G G C A AUCCGUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-1964_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGAGCACAAAAGCCGGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-1964-5p miRDB: MIMAT0017349 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1964_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCGACUUCUGGGCUCCGGCUUU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009437 TargetScanVert: mmu-miR-1964-3p miRDB: MIMAT0009437 |
