| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1947 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr16: 33105375-33105432 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGACGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGCAUCUGAAAGAUGAACAAGGUGGUGGAGGACGAGCUAGCUGAGUGCUGCAGACACUCUAAGAGCACUGAGCUAGCUCUCCCUCCAUGCCCUGCUCAAUCGUGAAGUUCCGACGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGCAUCUGAAAGAUGAACA--| UG AC G GCAGAC AGG GUGGAGG GAGCUAGCU AGUGCU A UCC UACCUCC CUCGAUCGA UCACGA C UGCAGCCUUGAAGUGCUAACUCG^ CG CU G GAAUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1947_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009413 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACGAGCUAGCUGAGUGCUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009413 TargetScanVert: mmu-miR-1947-5p miRDB: MIMAT0009413 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-1947_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GCACUGAGCUAGCUCUCCCUCC -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-1947-3p miRDB: MIMAT0017343 |
