| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-12366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12366 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-12366a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-12366-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
5: 223399571-223399626 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12366-v2) |
Mir-12366-v1
5: 223399571-223399626 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12366-v2 5: 223399571-223399626 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-12366-v2 |
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| Seed | CAAAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUAACGCACCAUAUUCUAAGGUCCCUUCCAGCUCUGACAUUCUAUGAUCUACAUUCAUAGGAUCAAAGGAUUCAGAACUGGAUGGGAUCUUAGGCAGAGCAUCCAGUUCAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUAACGCACCAUAU--| U C C A UACAU UCUAAGGUCCC UCCAG UCUGA AUUCU UGAUC \ GGAUUCUAGGG AGGUC AGACU UAGGA ACUAG U CCAACUUGACCUACGAGAC^ U A - A GAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-12366-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0050294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGCUCUGACAUUCUAUGAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-12366-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0050295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCAAAGGAUUCAGAACUGGAU -56
Get sequence
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| Variant | Mdo-Mir-12366-v1 |
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| Seed | UCAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUAACGCACCAUAUUCUAAGGUCCCUUCCAGCUCUGACAUUCUAUGAUCUACAUUCAUAGGAUCAAAGGAUUCAGAACUGGAUGGGAUCUUAGGCAGAGCAUCCAGUUCAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUAACGCACCAUAU--| U C C A ACAU UCUAAGGUCCC UCCAG UCUGA AUUCU UGAUCU \ GGAUUCUAGGG AGGUC AGACU UAGGA ACUAGG U CCAACUUGACCUACGAGAC^ U A - A AUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-12366-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0050294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGCUCUGACAUUCUAUGAUCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-12366-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0050295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUCAAAGGAUUCAGAACUGGAU -56
Get sequence
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