| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-12316-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12316 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-12316-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-12316-P1-v1 Sha-Mir-12316-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
1: 727221039-727221103 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12316-P1-v2) |
Mir-12316-P1-v1
1: 727221039-727221103 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12316-P1-v2 1: 727221039-727221103 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-12316-P1-v2 |
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| Seed | UUGAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGCUUGCUCAGGUGUUGGCUGGACCAGGUGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACUCCGACAUUCUGUAAUUGGUUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUUUGGUCCAUCCCUCUGCCUCCAAAGCCGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCUUGCUCAGGUGUU--| C GG - C CCGACAU GG UGGACCAGGUGGCCUCUGA UUCCUU C AACU U CC ACCUGGUUUACUGGAGACU AGGGAA G UUGG C UCAGCCGAAACCUCCGUCUC^ U -- A U UUAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-12316-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-12316-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUU -65
Get sequence
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| Variant | Mdo-Mir-12316-P1-v1 |
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| Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGCUUGCUCAGGUGUUGGCUGGACCAGGUGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACUCCGACAUUCUGUAAUUGGUUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUUUGGUCCAUCCCUCUGCCUCCAAAGCCGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCUUGCUCAGGUGUU--| C GG - C UCCGACAU GG UGGACCAGGUGGCCUCUGA UUCCUU C AAC U CC ACCUGGUUUACUGGAGACU AGGGAA G UUG C UCAGCCGAAACCUCCGUCUC^ U -- A U GUUAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-12316-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-12316-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUU -65
Get sequence
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