| MirGeneDB ID | Mal-Mir-722-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-722-P1-v1 Mal-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-722-P2-v1 Gmo-Mir-722-P2-v1 Lch-Mir-722 Tni-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884893.1: 72790-72854 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-722-P2-v2) |
Mir-722-P2-v1
KV884893.1: 72790-72854 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-722-P2-v2 KV884893.1: 72790-72854 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-722-P2-v2 |
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| Seed | UUGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGACACAAAAAGACUGGAAUAGAAUGGAAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUCCAUAGUCAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGUUUUGUUCUCCAACUCCGUGGGUGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGACACAAAAAGACUG--| A C AUGUUUCCAU GAAUAGAAUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAA \ CUUGUUUUGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUU A GAAGUGGGUGCCUCAACCU^ A U UGUGGAACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-722-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-722-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-722-P2-v1 |
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| Seed | UUUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGACACAAAAAGACUGGAAUAGAAUGGAAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUCCAUAGUCAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGUUUUGUUCUCCAACUCCGUGGGUGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGACACAAAAAGACUG--| A C UGUUUCCAU GAAUAGAAUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAAA \ CUUGUUUUGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUUU A GAAGUGGGUGCCUCAACCU^ A U GUGGAACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-722-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-722-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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