MirGeneDB ID | Loc-Mir-430-o31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Loc-Mir-430-o32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-430-P31a Hsa-Mir-430-P31b Mml-Mir-430-P31 Pab-Mir-430-P31a Pab-Mir-430-P31b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LepOcu1) |
LG7: 14528433-14528491 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o31) |
Mir-430-o32
LG7: 14528223-14528281 [-]
Ensembl
Mir-430-o31 LG7: 14528433-14528491 [-] Ensembl |
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Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGACUAUGCAAAAUGACACGUUCAGGCCCCUUCAAAGUGAAGCACUUGCUUGGAAUACCUGCAUGUAAGUGCUUAGUUUUGGAGUAGCUUUUAUGGGGUACAACAGAUCCAACGCGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAAGACUAUGCAAAAUG- A-| UC CC UG UUGGAAU AC CGU AGGC CUUCAAAG AAGCACUUGC \ UG GUA UUCG GAGGUUUU UUCGUGAAUG A AGCGCAACCUAGACAACA GG^ UU AU GA UACGUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Loc-Mir-430-o31_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUUCAAAGUGAAGCACUUGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Loc-Mir-430-o31_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAGUGCUUAGUUUUGGAGUAG -59
Get sequence
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