| MirGeneDB ID | Laf-Novel-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LAF-NOVEL-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. africana | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | L. africana | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010172.1: 878270-878326 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-3) |
Mir-675
GL010172.1: 877710-877766 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-3 GL010172.1: 878270-878326 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGUCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCCGGGCCAGCGGGCUCUUCUCUCUCUGGUCCUCGGUCCACUGGUCUUCUGGAAGAAGGAGGACGAGGGUGCCGAGGGCCGGCGAGAGGACGUGGCCAGCCUCCCGGUAGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGCCGGGCCAGCGG---| UC U - A G UGGA GC UUCUCUC CUGGUCCUCGGU CC CU GUCUUC \ UG AGGAGAG GGCCGGGAGCCG GG GA CAGGAG A CGAGAUGGCCCUCCGACCGG^ C- C U - G GAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Novel-3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCCUCGGUCCACUGGUCUUC -23
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Novel-3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- GGACGAGGGUGCCGAGGGCCGGC -57
Get sequence
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