| MirGeneDB ID | Laf-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010116.1: 1375954-1376010 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v2) |
Mir-505-v1
GL010116.1: 1375953-1376011 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 GL010116.1: 1375954-1376010 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-505-v2 |
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| Seed | GAGCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCGGUAGUAAAUGAUGCGCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGGUAGUAAAUGA---| GC U G A UCUGC UGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ ACG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C UUUUAGGUGCUUGAACCACU^ A- U G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-505-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Laf-Mir-505-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCU -57
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-505-v1 |
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| Seed | GGAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGCCGGUAGUAAAUGAUGCGCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGCCGGUAGUAAAUG---| GC U G A UUCUGC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGU \ UACG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCG C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- U G C AUUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-505-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-505-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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