MirGeneDB ID | Laf-Mir-350 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-350 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-350 Cpo-Mir-350 Eca-Mir-350 Ete-Mir-350 Mmr-Mir-350 Mmu-Mir-350 Ocu-Mir-350 Rno-Mir-350-P1 Rno-Mir-350-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010043.1: 42772407-42772465 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACCAAAAAAACUUUGCUCCUACAAGAGUAAAGUGCACGCGCUUUGGGACAGUGAGGAAAAUAUUGUUCACAAAGCCCAUACACUUUUACCCUUUAGGAGAGUUGCAGCUUCUUUUGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAACCAAAAAAACUUUG- C A - CACGC -| GUGAGG CUCCUA AAG GU AAAGUG GCUUUG GGACA \ GAGGAU UUC CA UUUCAC CGAAAC CUUGU A GGUUUUCUUCGACGUUGA - C U AUACC A^ UAUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Laf-Mir-350_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGUGCACGCGCUUUGGGACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Laf-Mir-350_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCACAAAGCCCAUACACUUUU -59
Get sequence
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